De acordo com a agenda, o Papa chega na segunda-feira, dia 22 de julho à Base Aérea do Galeão, e segue para o Palácio Guanabara, em Laranjeiras, na Zona Sul, onde se reúne com a presidente Dilma Rousseff e outras autoridades. Após este encontro, desloca-se para a residência da Igreja, no Sumaré, onde ficará hospedado durante a estadia no Rio e onde permanecerá em descanso na terça-feira.
Na manhã da quarta-feira, dia 24, o pontífice segue de helicóptero para o Santuário da Nossa Senhora da Aparecida, onde participa na missa. A bordo do papamóvel, vai almoçar ao Seminário do Bom Jesus e por volta das 16h, regressa para o Rio de Janeiro, onde visita o Hospital São Francisco de Assis, na Tijuca.
O primeiro Ato Central das JMJ com participação do Papa será na quinta-feira. Pela manhã, o Papa Francisco participa numa missa privada no Sumaré seguindo para o Palácio da Cidade, em Botafogo para abençoar a bandeira olímpica e para-olímpica. Por volta das 11h, o compromisso é uma visita à comunidade da Varginha, na Zona Norte. Segundo a agenda, o Papa deve realizar uma oração na pequena igreja dedicada a São Jerónimo Emiliano e oferecer um presente à comunidade. Na sequência, o Papa dirige-se a um campo de futebol para fazer um discurso. Só às 17h chega à Praia de Copacabana, onde será celebrada a Festa de Acolhimento, e em que se dirige pela primeira vez aos jovens.
Na sexta-feira o Papa vai à Quinta da Boa Vista, em São Cristóvão, na Zona Norte, encontrar-se com um grupo de jovens selecionados pela Igreja. Serão cinco escolhidos de continentes diferentes que se vão confessar com Francisco. O compromisso seguinte é no Palácio São Joaquim, na Glória, residência do arcebispo do Rio, onde rezará a oração do Ângelus. Ainda no mesmo dia, entre 11h e 14h, o Papa participa numa ação com adolescentes que cumprem medidas socio-educativas, encontra-se com patrocinadores da Jornada e integrantes do Comité Organizador Local (COL) e ainda almoça com um grupo de jovens.O Papa segue para o Sumaré onde, de helicóptero, segue com destino à Praia de Copacabana, onde será realizada a Via-Sacra.
No penúltimo dia da JMJ, sábado, a manhã começa com uma missa às 9h, com bispos na Catedral Metropolitana. Por volta das 11h30, reúne-se com membros da sociedade civil no Teatro Municipal. No início da noite, o Pontífice vai a Guaratiba para a Vigília de Oração.
De acordo com a agenda do Vaticano, no domingo, antes das 8h, o Papa retorna a Guaratiba para realizar a Missa de Envio, marcada para as 10h. No caminho, o helicóptero deve sobrevoar a estátua do Cristo Redentor. De tarde, por volta das 16h, o Papa Francisco tem um encontro com coordenação do Conselho Episcopal Latino-Americano. Depois, reúne-se com os milhares de voluntários da JMJ, no Riocentro, despedindo-se do Brasil numa cerimónia marcada para as 18h30.
